Il terzo film, Men in Black, è una continuazione della famosa commedia americana. Il cast è lo stesso Tommy Lee Jones e Will Smith. Il lavoro del regista è stato ripreso da Barry Sonnenfeld, produttore esecutivo di Steven Spielberg. Al cinema, il film è iniziato il 23 maggio 2012.
Questa volta il ruolo dell'eroe negativo è interpretato da Jamain Clement, che interpreta Boris. Questo è un criminale che è fuggito dalla prigione lunare. Brucia di odio per l'agente Kay, che nel luglio 1969 catturò il criminale e lo lasciò senza una mano. Quando Kay scopre improvvisamente che Boris stava correndo, esprime un grande rammarico per non averlo ucciso durante l'arresto. Dopodiché, l'agente scompare semplicemente e solo Jane ricorda che è esistito. Il resto dello staff in nero pensa che Kay sia morto in uno scontro con alcuni criminali nel 1969.
L'unica spiegazione per questo sconvolgimento della realtà è un cambiamento nel passato. Jay e l'agente O decidono che fu coinvolto Boris. La conferma di questo è un altro evento di scala cosmica: l'invasione della razza di Boris sulla Terra. Nella realtà precedente, questo era impossibile, dal momento che Kay ha installato un dispositivo di protezione sul pianeta chiamato "ArcNet". Ora, in connessione con la morte dell'agente qualche decennio fa, la Terra non ha avuto alcuna schermatura dai nemici dello spazio.
Jay scopre che Boris è stato mandato in passato da Jeffrey Price, un rivenditore di elettronica che aveva un cambio di tempo illegale nel suo arsenale. L'agente non ha altra scelta che tornare indietro nel tempo per salvare il suo partner. E viene immediatamente arrestato dal giovane Kay. Durante l'interrogatorio, Jay gli dice tutto e il futuro partner crede. Insieme trovano l'arcano Griffin, che ha ArkNet. Ora tutti e tre continuano il loro viaggio e partono per stabilire la protezione sulla luna. Ma su un razzo vengono arrestati dal colonnello. Ora diventa il custode del mistero di Jay.
Da questo momento in poi, si verifica un rapido sviluppo di eventi. Gli eroi si incontrano con due Boris e si verifica un combattimento. Un criminale del futuro viene gettato in una miniera di razzi e anche il giovane Boris lo insegue. Protezione della terra installata. E ora, sembrerebbe che la missione di Jay fosse stata completata, ma appare un giovane criminale sopravvissuto miracoloso. Il colonnello muore, ma Boris riesce a essere distrutto. E nel film appare un nuovo personaggio. Un ragazzo esce dall'auto del colonnello e inizia a cercare suo padre. L'agente si riconosce. Jay torna a tempo debito e incontra Kay al caffè. È tornato tutto.